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    Talagas
    @MatthieuTalagas_twitter
    Bonjour,
    Je suis enseignant chercheur au Laboratoire Interactions Epithéliums Neurones à l'Université de Bretagne Occidentale.
    Nous souhaiterions réaliser un RNA-Seq sur des co-cultures de kératinocytes humains et de neurones sensoriels de ratons. Les kératinocytes et les neurones sont mélangés. Pourriez-vous m'indiquer si vous êtes en mesure de distinguer les transcrits humains et marins lors de l'analyse bio-informatique ?
    Cordialement,
    Matthieu Talagas
    Christophe Antoniewski
    @drosofff
    Bonjour @MatthieuTalagas_twitter
    Je pense que cela ne pose pas de problèmes majeurs. selon votre objectif final, vous pouvez utiliser bowtie2 ou BWA (des aligneurs) pour éliminer les reads s'alignant sur le génome que vous ne souhaitez pas profiler, puis réaligner les reads restant sur le génome que vous souhaitez profiler (je suppose les neurones de souris, mais je ne suis pas sûr d'avoir compris le design de votre profiling). Personnellement, je testerais aussi tout de suite une autre approche consistant à assembler un génome "double" humain-murin (en identifiant les chromosomes selon leur origine), puis à aligner en une fois vos données de séquençage sur cette référence en utilisant HiSAT2 (un autre aligneur). Cela réclame néanmoins de préparer aussi un fichier d'annotation de transcrits (le gtf ou gff) correspondant au génome hybride. Rien de très compliqué, mais cela réclame du soin !
    Talagas
    @MatthieuTalagas_twitter
    Je vous remercie pour votre réponse rapide. Est-ce une prestation que vous pouvez assurer (analyse bio-informatique +/- séquençage en amont) ?
    Quelle procédure puis-je suivre pour vous apporter plus d'informations et vous demander un devis ?
    Christophe Antoniewski
    @drosofff

    @MatthieuTalagas_twitter
    Oui je pense que nous pouvons faire cette analyse, sous réserve de la réunion d'évaluation du projet que nous avons au début. Nous n'assurons pas la partie séquençage, mais nous pouvons vous mettre en relation avec des plateformes de séquençages, et dans tous les cas nous préférons pouvoir discuter de l'expérience de RNAseq avant la production des données (répliquats, longueurs des reads, elimination des ribosomiques, profondeur de séquences, paired-end vs single-end, etc.).

    Vous pouvez télécharger et consulter le formulaire de contrat et nos tarifs, le tout également disponible sur l'une des pages du site artbio.fr

    Puis-je vous demander comment vous avez connu l'existence de cette hotline sur Gitter ?

    Talagas
    @MatthieuTalagas_twitter
    Merci pour votre réponse rapide. Je peux vous apporter des informations complémentaires concernant notre problématique et la stratégie que nous envisageons de mettre en place. Quelle procédure puis-je suivre pour vous apporter ces informations et vous demander un devis ?
    Christophe Antoniewski
    @drosofff
    Nos messages se sont croisés :smile:
    Talagas
    @MatthieuTalagas_twitter
    Je découvre votre réponse. Il est donc inutile de tenir compte du message que je viens de vous adresser. J'ai eu les coordonnées de votre plateforme par Corinne Blugeon de la plateforme génomique de l'IBENS. Ils peuvent réaliser le séquençage mais m'ont orienté vers vous pour l'analyse compte-tenu du mélange des deux génomes (humain et rat) dans l'une des conditions que nous voulons étudier. Concernant la hotline, je l'ai découverte en bas de page de votre site. J'ai initialement voulu prendre contact grâce à la page dédiée, mais je recevais un message d'erreur indiquant que ma demande n'était pas réceptionnée. Je vais télécharger le formulaire de contrat et consulter vos tarifs. En vous remerciant,
    Christophe Antoniewski
    @drosofff
    Ah merci pour l'info sur le message d'erreur, je vais essayer de réparer cela.
    Talagas
    @MatthieuTalagas_twitter
    Je peux commencer à remplir le formulaire de contrat pour vous apporter plus d'informations. A quelle adresse mail puis-je l'envoyer ?
    Christophe Antoniewski
    @drosofff
    Merci
    Christophe Antoniewski
    @drosofff
    @/all Mississippi is now running Galaxy release_18.05 !
    Christophe Antoniewski
    @drosofff
    Les_Echos_1_3_20181004220000.pdf
    Christophe Antoniewski
    @drosofff
    Vous avez besoin d'un outil Galaxy qui convertit un SAM en BAM sans nécessité de fournir le génome de référence ? N'utilisez pas l'outil "SAM to BAM" ! Utilisez https://toolshed.g2.bx.psu.edu/view/devteam/samtool_filter2/56c31114ad4a
    bellenger-l
    @bellenger-l
    Outil de décompressage de fichiers : Convert compressed file to uncompressed (Galaxy version 1.0.0)