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5th
Feb 2016
Mohamad Awada
@momozaza
Feb 05 2016 03:16
Salut , Une fois que j'aurais fini avec le sheet de ADAM - Plink GWAS Data Mapping, je vais mettre le task a review pour que tu puisse jetter un coup d'oeil
David Lauzon
@davidonlaptop
Feb 05 2016 17:54
super
pirateparrot
@pirateparrot
Feb 05 2016 18:12
allo les gars, vous êtes là?
David Lauzon
@davidonlaptop
Feb 05 2016 18:12
oui
pirateparrot
@pirateparrot
Feb 05 2016 18:12
aujourd'hui c'est un cas particulier, mais je ne peut pas faire du chat au bureau
David Lauzon
@davidonlaptop
Feb 05 2016 18:13
ok je te répondrai par courriel
pirateparrot
@pirateparrot
Feb 05 2016 18:13
je n'ai riens à signaler de mon coté. David, as-tu reçu les fichiers pour le mapping?
David Lauzon
@davidonlaptop
Feb 05 2016 18:14
non, mais tu pourrais travailler sur le mapping des fichiers BGEN
pirateparrot
@pirateparrot
Feb 05 2016 18:15
ok. ils sont dans github?
pirateparrot
@pirateparrot
Feb 05 2016 18:16
ok, je vais regarder le fichier le weekend.
David Lauzon
@davidonlaptop
Feb 05 2016 18:16
pour commencer il faut se faire une idée des données qui sont contenues dans les fichiers qui sortent de l'imputation
Mohamed a commencé sur le google drive (dossier Data Mapping) le mapping des résultats GWAS avec plink
Il faudrait faire un document similaire pour les fichiers BGEN
pirateparrot
@pirateparrot
Feb 05 2016 18:17
ok
donc je devrais attendre le fichier de Mohamed?
David Lauzon
@davidonlaptop
Feb 05 2016 18:19
non, le fichier est deja dans Google Drive
on utilise Google Spreadsheet pour avoir les changements en live
pirateparrot
@pirateparrot
Feb 05 2016 18:19
ok
David Lauzon
@davidonlaptop
Feb 05 2016 18:19
et on peut collaborer en meme temps sur le meme document
pirateparrot
@pirateparrot
Feb 05 2016 18:20
oui, je le sais. J'utilise ça pour les TP.
David Lauzon
@davidonlaptop
Feb 05 2016 18:21
Les fichiers de SNPTest seraient intéressant aussi
pirateparrot
@pirateparrot
Feb 05 2016 18:21
je dois partir.
ok a plus tard
pirateparrot
@pirateparrot
Feb 05 2016 18:22
ca c'est le format de snptest?
David Lauzon
@davidonlaptop
Feb 05 2016 18:22
oui c’est un CSV
pirateparrot
@pirateparrot
Feb 05 2016 18:26
ça te dis les parametres que tu peux passer pour générer ton fichier, mais il est où le contenu du fichier?
t'as le nom de certain tables, mais je ne vois pas les colonnes
David Lauzon
@davidonlaptop
Feb 05 2016 18:27
hum, il faudrait peut-être le trouver en l’essayant.
pirateparrot
@pirateparrot
Feb 05 2016 18:28
apparemment oui.
David Lauzon
@davidonlaptop
Feb 05 2016 18:28
c’est peut-être écrit ailleurs dans la documentation de snptest
pirateparrot
@pirateparrot
Feb 05 2016 18:29
je vais regarder ça le WE. Bye
David Lauzon
@davidonlaptop
Feb 05 2016 18:29
bye