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  • Dec 20 2018 11:36

    vincentchabannes on feelpp-v0.106

    add option for smooth the radius (compare)

  • Dec 18 2018 16:11

    vincentchabannes on feelpp-v0.106

    up ITK version + use RPATH avoid to call wget at each times fix execution if does not have … (compare)

  • Dec 12 2018 15:38

    vincentchabannes on feelpp-v0.106

    download gmsh headers from gmsh… (compare)

  • Dec 06 2018 08:39

    vincentchabannes on feelpp-v0.106

    up centerlines fusion + fix war… (compare)

  • Nov 30 2018 12:45

    vincentchabannes on feelpp-v0.106

    up centerlines coloring add posibility to have a consta… up header (compare)

  • Nov 29 2018 22:02

    vincentchabannes on feelpp-v0.106

    change a little bit the partiti… (compare)

  • Nov 29 2018 16:10

    vincentchabannes on feelpp-v0.106

    fix call of python (seems due t… fix OpenSurface algo @francois… add vmtk cmake option and 1 more (compare)

  • Nov 23 2018 10:15

    vincentchabannes on feelpp-v0.106

    up vmtk version (use a recent c… use new cmake system with link … fix compilation with last feel++ (compare)

  • Jul 20 2018 09:19
    francoisdh closed #42
  • Jul 20 2018 09:19
    francoisdh commented #42
  • Jul 19 2018 11:48

    vincentchabannes on master

    fixed issue #42: requests RORPO… Merge pull request #43 from fee… (compare)

  • Jul 19 2018 11:48
    vincentchabannes closed #43
  • Jul 19 2018 10:24
    francoisdh review_requested #43
  • Jul 19 2018 10:24
    francoisdh review_requested #43
  • Jul 19 2018 10:24
    francoisdh assigned #43
  • Jul 19 2018 10:24
    francoisdh labeled #43
  • Jul 19 2018 10:24
    francoisdh labeled #43
  • Jul 19 2018 10:24
    francoisdh opened #43
  • Jul 19 2018 10:22

    francoisdh on issue-42-rorpo

    fixed issue #42: requests RORPO… (compare)

  • Jul 19 2018 10:19

    francoisdh on issue-42-rorpo

    Fixes the failing build by requ… (compare)

Vincent Chabannes
@vincentchabannes
oui, il faut juste compiler et installer feel++ (avec paraview par exemple) et ensuite tout le reste s'installe
François Der Hovsepian
@francoisdh
Ok super ! Donc pour la partie feel++, c'est comme avant, non ?
Vincent Chabannes
@vincentchabannes
oui comme avant(sur atlas tu as juste à charger le module feelpp-clang_gcc610.profile). Sinon l’image docker devrait bientot être dispo.
François Der Hovsepian
@francoisdh
C'est génial, merci.
Christophe Prud'homme
@prudhomm
@/all angiotk is now up up and running in docker !
Christophe Prud'homme
@prudhomm
@vincentchabannes could you test the images just to be sure everything is all right ?
Vincent Chabannes
@vincentchabannes
@prudhomm not really, we need to give some options in cmake (else all modules are disabled)
Vincent Chabannes
@vincentchabannes
and also docker pull feelpp/angiotk doesn’t work :
Using default tag: latest
Error response from daemon: repository feelpp/angiotk not found: does not exist or no pull access
Christophe Prud'homme
@prudhomm
@vincentchabannes sorry you have to pass the full tag: docker pull feelpp/angiotk:master-ubuntu-16.10
which options do we need to pass ? at feelpp level or angiotk level ?
Vincent Chabannes
@vincentchabannes
-DCMAKE_BUILD_TYPE=Release -DBUILD_MODULE_Meshing=ON -DBUILD_MODULE_Filtering=ON
and docker pull feelpp/angiotk:master-ubuntu-16.10 give me the same error
Christophe Prud'homme
@prudhomm
can you try now docker pull feelpp/angiotk?
I pushed the latest tag
Vincent Chabannes
@vincentchabannes
sorry, I forgot to run docker login. Now it’s good.
Christophe Prud'homme
@prudhomm
I will do the cmake stuff later this morning
Christophe Prud'homme
@prudhomm
@vincentchabannes the new docker images with the cmake flags has just been deployed. you can check ;)
François Der Hovsepian
@francoisdh
@prudhomm How can I test the docker image ? I just installed the latest version of docker for mac. docker pull feelpp/angiotk gives me the same error @vincentchabannes encountered. I read the documentation about docker login but I lack informations I should provide. I guess I should create an account somewhere and ask for access to the feelpp/angiotk docker registry ?
Christophe Prud'homme
@prudhomm
@francoisdh you need indeed to have an account on docker hub and that I give you the permission to access the image. It is still being developed/tested, your help is welcome
@vincentchabannes from feelpp/angiotk@8728833 is the module automatically set to be built in docker ? otherwise you need to change in .buildkite/pipeline.yml and add the proper cmake flag
ah ok you just committed it ;)
Vincent Chabannes
@vincentchabannes
@prudhomm je viens de faire de 2/3 tests, ça semble ok. J’ai pu aussi tester l’outil graphique avec virtualbox+docker.
Christophe Prud'homme
@prudhomm
Et ça marche ?
Vincent Chabannes
@vincentchabannes
oui, le rendu 3d rame un peu mais ça marche
Christophe Prud'homme
@prudhomm
Il faudrait avoir avoir des tests simples sur des data fabriquées à la main. Ce serait d'ailleurs utile pour le workshop
Vincent Chabannes
@vincentchabannes
@prudhomm j’ai remarqué que le tag latest de l’image docker n’était pas mis à jour
Christophe Prud'homme
@prudhomm
@vincentchabannes in fact the latest tag is associated with develop branch and not master. This could be changed of course. Master has the stable tag.
François Der Hovsepian
@francoisdh
@prudhomm I created a docker hub account: francoisdh
Christophe Prud'homme
@prudhomm
@francoisdh you have access as well @lsala . @jjomier do you have a docker account to access the docker images ?
Christophe Prud'homme
@prudhomm
@/all the docker image feelpp/angiotkis now public !
@francoisdh where is the documentation standing in asciidoc ?
François Der Hovsepian
@francoisdh
@prudhomm Thank you ! The documentation is still in /doc/book (only asciidoc files). However, newer versions are in separate branches. Should I open pull requests ?
Christophe Prud'homme
@prudhomm
Yes
Christophe Prud'homme
@prudhomm
@francoisdh tu es là ?
Alexandre Fortin est à l'IRMA pour l'intégration de jemris, est ce que tu peux descendre ?
Christophe Prud'homme
@prudhomm
@vincentchabannes @alexandrefortin is in my office. @PhilippeRicka it would be ok to assist
@lsala eventually you too ;)
Christophe Prud'homme
@prudhomm
@francoisdh on est de retour
Christophe Prud'homme
@prudhomm
@francoisdh @alexandrefortin @vincentchabannes how is it going with jemris integration ?
alexandrefortin
@alexandrefortin
@francoisdh @vincentchabannes @prudhomm Peut-on créer une branche "angio_simu" dans le git jemris, pour que je mette en ligne les codes d'acquisition IRM et de conversion de flux ?
François Der Hovsepian
@francoisdh
@alexandrefortin Bien sûr, je peux le faire très vite. La nouvelle branche sera basée sur la branche master (donc jemris 2.7.2), est-ce que ça te convient ?
Christophe Prud'homme
@prudhomm
@francoisdh où en est l'intégration dans AngioTK ? superbuild ...
alexandrefortin
@alexandrefortin
@francoisdh D'accord, n'est-il pas possible de faire une branche indépendante des releases pour les fichiers de simulations ? (sachant qu'à terme, la version 2.8.1 -ou plus- sera utilisée, tandis que les fichiers de simu resteront valables quelle que soit la version)
François Der Hovsepian
@francoisdh
@prudhomm Les branches du code jemris sont en ligne sur https://github.com/vivabrain/jemris avec la version 2.7.2 (master), l'extension Flow loop d'Alexandre (flow_loop) et la version 2.8.1 à laquelle on a appliqué le patch correspondant à l'extension Flow loop (v2.8.1). Dans l'image docker, j'ai installé Xerces sans problème apparent. Mais j'ai un petit problème pour compiler jemris, dès l'étape configure: il ne trouve pas ginac.h. J'ai cherché à la main car il me semblait que c'était une bibliothèque utilisée par feel++ et effectivement le header est dans /usr/local/include/feelpp/ginac/... Cependant, il me semble que les *.so correspondant sont préfixés par feelpp: libfeelpp_ginac.so
Je suis en train de chercher comment dire à configure de chercher dans le bon répertoire. Cependant, je me demande s'il va trouver les .so du coup ?
François Der Hovsepian
@francoisdh
@alexandrefortin Tu veux dire une branche avec uniquement des fichiers de configuration ou des données à traiter, sans code source ? En tout cas, il est possible de créer une branche totalement indépendante, mais je ne sais pas si c'est la meilleure solution: on peut garder ce type de fichiers "à côté" des sources, puisque justement ils ne vont jamais changer, ça ne pose pas de problème (et quand on teste, ça évite de devoir changer de branche pour les récupérer)
alexandrefortin
@alexandrefortin
@francoisdh En fait, "simu_angio" est le répertoire à télécharger, à partir desquels il faudra lancer les simulations, indépendemment de la partie développement (il ne contient pas de code source, juste des fichiers de config pour lancer des simulations-tests une fois jemris installé). L'idée serait que je puisse poster de nouveaux fichiers de simu au fur et à mesure, indépendamment de ce que vous faites sur jemris, mais si tu penses que c'est mieux dans une branche existante (par contre ça ne fonctionnera pas avec la branche master car ce sont des fichiers prévus pour les versions avec "flux").
Christophe Prud'homme
@prudhomm
@alexandrefortin I received the data. @francoisdh let's meet on thursday or next week to finalize the integration.
Christophe Prud'homme
@prudhomm
@francoisdh do you have some news ? how about the jemris build issues we discussed last week and having them on github ?
François Der Hovsepian
@francoisdh
@prudhomm Sorry I'm late on this topic. It took me more time than expected and but I managed to solve most of the issues - the remaining one is the GiNaC dependency and as far as I can tell we really have to install it. I then tried to add boost and it worked flawlessly. Now, make check says 3/3 tests are successful ! I also tried to run the first of Alexandre's tests (with the files added in the jemris repo) and it seems to be working. I have written down the install and troubleshooting steps and I will push them online soon.
Christophe Prud'homme
@prudhomm
ok @francoisdh, also please note that we moved soon to slack ! see invitation in feelpp/team for example