vivabrain/angiotk

Virtual Angiography Toolkit

Alexandre Ancel

@aancel

@francoisdh Ok, on a fermé le hangout. On part sur une réunion mercredi à 13h. Avance sur la génération de la matrice jeux de données/étapes du pipeline et prépare un CR/slides pour présenter tes avancées

Christophe Prud'homme

@prudhomm

@francoisdh des news cote angiotk ? des difficultes particulieres ?

ou en estu ?

François Der Hovsepian

@francoisdh

On peut lancer AngioTK sur tous les fichiers disponibles:

resultsDB.html

On a les informations système, les commandes utilisées et une couleur de fond pour chaque cellule, le rouge indiquant que le script n'est pas arrivé à l'étape en question.

Christophe Prud'homme

@prudhomm

Ok tres bien. Quid de la page overview ? pour rappel on devrait avoir de nouveaux jeux de données sur des angiographies de l'oeil tres prochainement

idées (-> issue github)....:

utiliser bootstrap (twitter) pour faciliter la génératoin de jolie page
utiliser readmore.js pour cacher les infos et avoir des cellules de meme taille (voir js dans www.cemosis.fr)
voir si jekyll peut etre utiliser comme preprocesseur et si il existe un plugin pour manipuler les json avec jekyll

François Der Hovsepian

@francoisdh

J'ai mis en ligne les nouveautés, voici quelques screenshots, avec en premier lieu la nouvelle page globale:

Si on clique sur le lien d'un 'run', on arrive sur sa page de résultats:

On peut voir le récapitulatif de la configuration système ainsi que les statistiques.

Et voici un exemple de coloration selon qu'une étape soit validée ou non:

Christophe Prud'homme

@prudhomm

@francoisdh ok as tu essayé d’utiliser bootstrap et les scripts javascripts ?

as tu essayé de faire les centerlines sur quelques images 3D afin de voir comment progressaient le pipeline ?

Alexandre Ancel

@aancel

@/all The containerization of AngioTK should be ok right now. It will allow you to build AngioTK and all its dependencies using docker. I finally found a stable configuration (It took a lot of work) to build the AngioTK image.
For those who want to use AngioTK this way, you need to have the docker engine and docker-compose installed. Then type the following command at the base of the AngioTK repository:

docker-compose build

It will take some time to build and you should have an AngioTK image named feelpp/angiotk:latest. I updated the build instructions here (https://github.com/feelpp/angiotk/blob/master/doc/book/Building.adoc)

François Der Hovsepian

@francoisdh

@prudhomm je travaille sur les centerlines de quelques images 3D, certaines "passent bien":

d'autres posent des soucis:

mszopos

@mszopos

Une nouvelle de CiCP (Communications in Computational Physics): "Computational Software Section in CiCP.

It is truly our honor to reach our scientific computing community and
announce the creation of a "computational software" section in the
journal of "Communications in Computational Physics" (CiCP), which is
devoted to the publication of scientific software related research
results in a very broad sense, preferably with the open-source
software packages. We hope this section will become a useful platform
to our community to share research results and related computer
codes. We are proud to present the first two papers published in this
section: http://dx.doi.org/10.4208/cicp.150215.260615sw and
http://dx.doi.org/10.4208/cicp.020215.150515sw,

We want to encourage our colleagues to consider this section when
publicizing their research results. This section has a special format
requirement and the sample latex files can be found at
http://www.global-sci.com/TeX.html. The authors may either provide a
link to their software in the paper, or submit the software as
"Supplementary Material" using the online submission system. The
software will be tested by the journal before publication. You are
encouraged to contact the new Section's associate editors Profs.
Jingfang Huang (huang@email.unc.edu) or Benzhuo Lu (bzlu@sec.cc.ac.cn)
if you have any questions."

Ca pourrait être intéressant pour le papier AngioTk.

François Der Hovsepian

@francoisdh

Bonjour à tous,
j'essaie de reconstruire le maillage du poisson zèbre, et ses dimensions minuscules semblent poser problème: la taille du cube utilisé pour reconstruire l'image à partir des centerlines est comparable à celle du maillage entier, donc l'image reconstruite n'est constituée que de quelques cubes presque superposés:

Dans un premier temps, j'ai augmenté la taille du modèle (x100) et constaté que dans ce cas, tout se passe bien.

Toutefois, ce n'est évidemment pas une bonne solution puisqu'on modifie les dimensions du modèle à traiter.
Y a-t'il un paramètre, dans AngioTK ou dans un fichier de configuration, sur lequel on puisse jouer pour prendre en compte les dimensions du modèle dès le départ ?

Alexandre Ancel

@aancel

Salut,
Oui il faut que tu regardes dans le fichier de configuration de l’étape de création de l’image à partir des centerlines. Il me semble que tu peux modifier le dim-spacing.
Essaye de le diviser par 100 sur la géométrie originale pour voir si tu obtiens la meme sortie qu’avec le modèle avec taille augmentée

Vincent Chabannes

@vincentchabannes

@francoisdh j’ai rajouté dans le repo hemotumpp des scripts qui permettent de construire le maillage volumique du Zebra avec ou sans la paroi artériel. Le maillage initial à donner au script est le maillage de surface sans la surface plane aux entrées/sortie. (c’est le marqueur wall). J’ai mis ce maillage de surface sous dropbox ( HemoTum++/Geometries/CAO/zebrafish_advanced_sections_double/myHemotumWall.stl ). Avant de lancer les scripts, il faut bien vérifier les chemins.

François Der Hovsepian

@francoisdh

Merci pour vos réponses. J'ai testé les deux:

@aancel J'ai déjà essayé de diviser le dim_spacing par 100 justement, j'ai oublié de préciser que c'est à ça que correspond le premier screenshot avec les cubes quasiment confondus. Le fichier mha fait alors dans les 400Mo. Du coup je me demande si le dim_spacing influe bien sur la dimension des cubes ?

J'ai toutefois retenté en divisant encore par 2,5 soit 0,001. Après 8h de calcul, à l'issue de l'étape imagefromcenterlines, j'obtiens un fichier mha très petit (5,4Mo) qui fait planter paraview... Je n'ai pas encore trouvé d'où ça vient.

@vincentchabannes J'ai édité le script et les fichiers de configuration afin d'ajuster les chemins, puis testé. J'obtiens une erreur pendant la création des centerlines:
Info : Done reading '/ssd/derhovsepian/angiotk/results/repo_zebra/centerlines/part4/myHemotumWall_centerlines_vmtkformat_part32.vtk'
Info : Reading 55 points
[...]
Info : AngioTkCenterline: start createBranches (maxNin =2147483647)
Error : invalid coloring 0 but max is 6.95286e-310 ./runpipeline.sh: line 7: 58901 Segmentation fault (core dumped)
[...]
Une idée ?

François Der Hovsepian

@francoisdh

J'ai essayé de contourner le problème en excluant le dernier fichier pointpair (pointpair4.data)

voici le résultat:

Alexandre Ancel

@aancel

@francoisdh Par rapport à ton test et le fichier qui fait planter ParaView. Je pense que si ParaView plante, c’est qu’il y a de très grandes chances que le fichier ait été mal généré et que l’application qui le génère ai planté. Essaye peut etre de moins réduire la taille du fichier

Par rapport au 2ème point, c’est l’application qui a planté. Il faut peut etre essayer de modifier la centerline pour que cela fonctionne ou supprimer le morceau qui ne fonctionne pas comme tu semble l’avoir fait après

François Der Hovsepian

@francoisdh

@aancel Merci de ton aide, c'est un peu ce que j'essaie de faire en essayant de trouver la limite par tâtonnement.

François Der Hovsepian

@francoisdh

Bonjour à tous,
j'ai trouvé une solution qui me semble acceptable: j'ai réintégré le fichier pointpair4.data qui posait problème, mais en supprimant les deux dernières lignes (le 32ème segment). Plus de plantage et voici le résultat:

François Der Hovsepian

@francoisdh

Pour pouvoir modifier l'épaisseur de l'endothélium, une piste serait de jouer sur le paramètre extrude-wall.h-layer lors de l'étape volumefromcenterlines. De ce que j'ai compris, c'est le ratio (épaisseur de la paroi)/(rayon interne de la paroi).

Le problème, c'est que cela affecte tout le maillage:

Voici un exemple. À gauche, extrude-wall.h-layer vaut 0,2 et à droite 0,8.

Il faut noter que l'épaississement se fait du centre vers l’extérieur.

Alexandre Ancel

@aancel

Effectivement c’est une piste, mais ne fallait-il pas que l’épaisseur soit uniforme sur l’ensemble du maillage ? @prudhomm
Ce n’est pas le cas ici non ?

François Der Hovsepian

@francoisdh

J'avais cru comprendre que justement, ce n'était que sur une fraction du maillage qu'il devait y avoir une épaisseur variable. Mais dans les deux cas, le même problème se pose: qu'on veuille uniformiser l'épaisseur ou la modifier localement, un coefficient sur l'ensemble du maillage ne suffit pas. Il faudrait pouvoir sélectionner chaque partie indépendamment et fixer son coefficient en fonction de ses dimensions... Je ne sais pas comment faire.

J'ai pensé générer chaque partie séparément, en isolant un fichier de centerline par partie, puis en générant un maillage pour chacune (donc avec un coefficient potentiellement différent à chaque fois), mais comment fusionner les maillages à la fin ?

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