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  • Apr 03 22:17

    prudhomm on master

    fix warning (compare)

  • Dec 20 2018 11:36

    vincentchabannes on feelpp-v0.106

    add option for smooth the radius (compare)

  • Dec 18 2018 16:11

    vincentchabannes on feelpp-v0.106

    up ITK version + use RPATH avoid to call wget at each times fix execution if does not have … (compare)

  • Dec 12 2018 15:38

    vincentchabannes on feelpp-v0.106

    download gmsh headers from gmsh… (compare)

  • Dec 06 2018 08:39

    vincentchabannes on feelpp-v0.106

    up centerlines fusion + fix war… (compare)

  • Nov 30 2018 12:45

    vincentchabannes on feelpp-v0.106

    up centerlines coloring add posibility to have a consta… up header (compare)

  • Nov 29 2018 22:02

    vincentchabannes on feelpp-v0.106

    change a little bit the partiti… (compare)

  • Nov 29 2018 16:10

    vincentchabannes on feelpp-v0.106

    fix call of python (seems due t… fix OpenSurface algo @francois… add vmtk cmake option and 1 more (compare)

  • Nov 23 2018 10:15

    vincentchabannes on feelpp-v0.106

    up vmtk version (use a recent c… use new cmake system with link … fix compilation with last feel++ (compare)

  • Jul 20 2018 09:19
    francoisdh closed #42
  • Jul 20 2018 09:19
    francoisdh commented #42
  • Jul 19 2018 11:48

    vincentchabannes on master

    fixed issue #42: requests RORPO… Merge pull request #43 from fee… (compare)

  • Jul 19 2018 11:48
    vincentchabannes closed #43
  • Jul 19 2018 10:24
    francoisdh review_requested #43
  • Jul 19 2018 10:24
    francoisdh review_requested #43
  • Jul 19 2018 10:24
    francoisdh assigned #43
  • Jul 19 2018 10:24
    francoisdh labeled #43
  • Jul 19 2018 10:24
    francoisdh labeled #43
  • Jul 19 2018 10:24
    francoisdh opened #43
  • Jul 19 2018 10:22

    francoisdh on issue-42-rorpo

    fixed issue #42: requests RORPO… (compare)

François Der Hovsepian
@francoisdh
@aancel Merci de ton aide, c'est un peu ce que j'essaie de faire en essayant de trouver la limite par tâtonnement.
François Der Hovsepian
@francoisdh
Bonjour à tous,
j'ai trouvé une solution qui me semble acceptable: j'ai réintégré le fichier pointpair4.data qui posait problème, mais en supprimant les deux dernières lignes (le 32ème segment). Plus de plantage et voici le résultat:
Capture d’écran 2016-08-02 à 10.08.27.png
François Der Hovsepian
@francoisdh
Pour pouvoir modifier l'épaisseur de l'endothélium, une piste serait de jouer sur le paramètre extrude-wall.h-layer lors de l'étape volumefromcenterlines. De ce que j'ai compris, c'est le ratio (épaisseur de la paroi)/(rayon interne de la paroi).
Le problème, c'est que cela affecte tout le maillage:
comparaison.png
Voici un exemple. À gauche, extrude-wall.h-layer vaut 0,2 et à droite 0,8.
Il faut noter que l'épaississement se fait du centre vers l’extérieur.
Alexandre Ancel
@aancel
Effectivement c’est une piste, mais ne fallait-il pas que l’épaisseur soit uniforme sur l’ensemble du maillage ? @prudhomm
Ce n’est pas le cas ici non ?
François Der Hovsepian
@francoisdh
J'avais cru comprendre que justement, ce n'était que sur une fraction du maillage qu'il devait y avoir une épaisseur variable. Mais dans les deux cas, le même problème se pose: qu'on veuille uniformiser l'épaisseur ou la modifier localement, un coefficient sur l'ensemble du maillage ne suffit pas. Il faudrait pouvoir sélectionner chaque partie indépendamment et fixer son coefficient en fonction de ses dimensions... Je ne sais pas comment faire.
J'ai pensé générer chaque partie séparément, en isolant un fichier de centerline par partie, puis en générant un maillage pour chacune (donc avec un coefficient potentiellement différent à chaque fois), mais comment fusionner les maillages à la fin ?
Kurt Sansom
@kayarre
Hi, I am really interested in running Angiotk, but I have gotten stuck in dependency hell trying to get everything to compile. What can I do to get a stable build up and running, does anyone suggestions? maybe a docker image would be a good place to start. the github repo looks like it hasn't been updated in a while is there a newer version available?
François Der Hovsepian
@francoisdh
@kayarre Hi, according to doc/book/Building.adoc (in the github repo) a docker image should be available. Did you try it ?
mszopos
@mszopos
@francoisdh as-tu pu avoir les infos sur le maillage zebra fish ? sur les autres questions ? n'hésites pas à les mettre dans un petit document, avec par exemple une liste d'items.
Un webinar qui serait intéressant à suivre pour angiotk http://www.inria-alumni.fr/webinaire-simulation-radiologie/
François Der Hovsepian
@francoisdh

@mszopos j'ai justement rédigé un petit document, je vais inclure le texte directement ici.
Je n'ai pas de solution simple pour le poisson zèbre:

  • On peut augmenter l'épaisseur de la (double) couche externe, mais cela impacte tout le maillage.
  • En imaginant qu'on parvienne à isoler une partie du maillage pour la traiter séparément, je ne sais pas comment la re-fusionner dans le maillage global ensuite.

Au sujet de la page de présentation des résultats:

  • J'ai replongé dans le javascript pour pouvoir générer la page web directement à partir du fichier json, c'est-à-dire sans utiliser les scritps createAsciidoc*.py et asciidoctor. Le but étant de mieux contrôler la présentation de la page elle-même et permettre petit à petit d'ajouter les fonctions souhaitées.

  • Je rencontre un problème avec le script readmore.js qui ne semble pas fonctionner correctement dans les tableaux.

Qu'en est-il de l'installation via docker ? Elle est préconisée dans la doc. J'ai voulu la tester sur une installation toute fraiche d'Ubuntu, mais j'obtiens une erreur. Est-elle déjà fonctionnelle ?

Christophe Prud'homme
@prudhomm
@kayarre the public version of AngioTK is quite old, we haven't synchronized in a while our devs with the public repo. What do you need AngioTK for ? what is your background ? we would be happy to include contributors to AngioTK but we are not yet ready to provide support for end-users
@francoisdh I will get back to you this week on angiotk
Kurt Sansom
@kayarre
@francoisdh Thanks I did see a comment about the docker image, but hadn't tried it yet, but its next on my list to try.
Kurt Sansom
@kayarre
@prudhomm Thanks for the reply. I am graduate student in mechanical engineering focusing on vascular blood flow modeling (CFD/FSI for predictive medicine). I am currently on a project where they are using a combination of some old segmentation tools and I do a bunch of manual manipulation to get a reasonable surface mesh (meshlab + vmtk + my own scripts) and then use a commercial meshing and CFD solver. One of the goals for me is to switch the workflow to open source software and automatize the preprocessing. This project looks like you have a pretty good workflow put together without me re-inventing the wheel. I am pretty strong in python, suck at building GUI's, and am ok with c/c++. Before graduate school I was essentially a glorified QA/Testing person. Definitely want to get more experience in software development. My French is pretty bad unfortunately but happy to learn :)
Kurt Sansom
@kayarre
@francoisdh I am not sure where to look for the docker image?
Christophe Prud'homme
@prudhomm
@kayarre we are going to prepare the docker image and provide a link to it for you, it may take a few days
however angiotk is not yet end-user ready, it requires a bit of knowledge which is not yet written in the documentation
Kurt Sansom
@kayarre
@prudhomm Thanks so much. I am looking forward to it.
Christophe Prud'homme
@prudhomm
@francoisdh your last commit is from nov 4 in feature/matrix. Nothing new since then ? documentation ? should the branch be merged with master ?
what are you working currently ?
How about the code regarding the centerlines ? could you add it to github ?
Christophe Prud'homme
@prudhomm
@jjomier I pushed a new version of angiotk in the public repository.
you can find it here
Christophe Prud'homme
@prudhomm
@francoisdh @jjomier we have to prepare the angiotk course for the summer school !
Christophe Prud'homme
@prudhomm
@francoisdh any news on the installation process ?
François Der Hovsepian
@francoisdh
Yes, I updated the building instructions and will push them in a few minutes.
Christophe Prud'homme
@prudhomm
@francoisdh @vincentchabannes the data from Baledent is on Atlas: /data/vivabrain/Baledent/*
François Der Hovsepian
@francoisdh
@prudhomm Thank you ! I will start working on it !
Christophe Prud'homme
@prudhomm
@jjomier what is the procedure to upload the data into midas ?
François Der Hovsepian
@francoisdh
@prudhomm @jjomier Is there a simple way to open all these dicom images as a 3D one in ParaView ? Or a way to concatenate and convert them all into a single MHA or NIfTI file ?
(ParaView 5.3.0 does not seem to handle the DICOMDIR, but opens slices fine individually, when told to read them as "DICOM (single)" files)
Christophe Prud'homme
@prudhomm
@vincentchabannes I setup buildkite for angiotk. however it will fail until we merge cmake-superbuild into master (or develop). When do you think you will merge ?
Vincent Chabannes
@vincentchabannes
@prudhomm thanks! I will try to merge today (I have still some minor up about the installation). I have tried in docker with feelpp-libs and it works. I have noticed an error in LD_LIBRARY_PATH and PYTHONPATH for paraview (paraview-5.0 -> paraview-5.3 in feelpp.env.sh). if you have time, can you update this?
Christophe Prud'homme
@prudhomm
where is the problem exactely ?
Vincent Chabannes
@vincentchabannes
Christophe Prud'homme
@prudhomm
@vincentchabannes feelpp/feelpp-env is currently being re-generated
Vincent Chabannes
@vincentchabannes
If I change this file, it’s automatically re-generated? I thought not
Christophe Prud'homme
@prudhomm
nope not yet. I need to set this up
Christophe Prud'homme
@prudhomm
@vincentchabannes c'est corrigé et mis à jour sur docker :) docker pull feelpp/feelpp-env
Vincent Chabannes
@vincentchabannes
merci!
Christophe Prud'homme
@prudhomm
ca a été vite car juste la couche feelpp.env.sh qui arrive a la fin était modifiée
Vincent Chabannes
@vincentchabannes
@prudhomm est-ce que l’on peut spécifier des options à cmake pour la génération de l’image?
François Der Hovsepian
@francoisdh
Bonjour à tous,
@vincentchabannes ai-je bien compris que la branche feature/cmake-superbuild qui vient d'être fusionnée avec master inclut toutes les dépendances ? Je suis en train de compiler pour pouvoir tester.
Vincent Chabannes
@vincentchabannes
oui, il faut juste compiler et installer feel++ (avec paraview par exemple) et ensuite tout le reste s'installe
François Der Hovsepian
@francoisdh
Ok super ! Donc pour la partie feel++, c'est comme avant, non ?