which options do we need to pass ? at feelpp level or angiotk level ?
and
docker pull feelpp/angiotk:master-ubuntu-16.10 give me the same error
I pushed the latest tag
@prudhomm How can I test the docker image ? I just installed the latest version of docker for mac.
docker pull feelpp/angiotk gives me the same error @vincentchabannes encountered. I read the documentation about docker login but I lack informations I should provide. I guess I should create an account somewhere and ask for access to the feelpp/angiotk docker registry ?
@vincentchabannes from feelpp/angiotk@8728833 is the module automatically set to be built in docker ? otherwise you need to change in
.buildkite/pipeline.yml and add the proper cmake flag
ah ok you just committed it ;)
@francoisdh where is the documentation standing in asciidoc ?
Alexandre Fortin est à l'IRMA pour l'intégration de jemris, est ce que tu peux descendre ?
@lsala eventually you too ;)
@francoisdh D'accord, n'est-il pas possible de faire une branche indépendante des releases pour les fichiers de simulations ? (sachant qu'à terme, la version 2.8.1 -ou plus- sera utilisée, tandis que les fichiers de simu resteront valables quelle que soit la version)
@prudhomm Les branches du code jemris sont en ligne sur https://github.com/vivabrain/jemris avec la version 2.7.2 (master), l'extension Flow loop d'Alexandre (flow_loop) et la version 2.8.1 à laquelle on a appliqué le patch correspondant à l'extension Flow loop (v2.8.1). Dans l'image docker, j'ai installé Xerces sans problème apparent. Mais j'ai un petit problème pour compiler jemris, dès l'étape
Je suis en train de chercher comment dire à configure de chercher dans le bon répertoire. Cependant, je me demande s'il va trouver les .so du coup ?
configure: il ne trouve pas ginac.h. J'ai cherché à la main car il me semblait que c'était une bibliothèque utilisée par feel++ et effectivement le header est dans /usr/local/include/feelpp/ginac/... Cependant, il me semble que les *.so correspondant sont préfixés par feelpp: libfeelpp_ginac.soJe suis en train de chercher comment dire à configure de chercher dans le bon répertoire. Cependant, je me demande s'il va trouver les .so du coup ?
@alexandrefortin Tu veux dire une branche avec uniquement des fichiers de configuration ou des données à traiter, sans code source ? En tout cas, il est possible de créer une branche totalement indépendante, mais je ne sais pas si c'est la meilleure solution: on peut garder ce type de fichiers "à côté" des sources, puisque justement ils ne vont jamais changer, ça ne pose pas de problème (et quand on teste, ça évite de devoir changer de branche pour les récupérer)
@francoisdh En fait, "simu_angio" est le répertoire à télécharger, à partir desquels il faudra lancer les simulations, indépendemment de la partie développement (il ne contient pas de code source, juste des fichiers de config pour lancer des simulations-tests une fois jemris installé). L'idée serait que je puisse poster de nouveaux fichiers de simu au fur et à mesure, indépendamment de ce que vous faites sur jemris, mais si tu penses que c'est mieux dans une branche existante (par contre ça ne fonctionnera pas avec la branche master car ce sont des fichiers prévus pour les versions avec "flux").
@prudhomm Sorry I'm late on this topic. It took me more time than expected and but I managed to solve most of the issues - the remaining one is the GiNaC dependency and as far as I can tell we really have to install it. I then tried to add boost and it worked flawlessly. Now,
make check says 3/3 tests are successful ! I also tried to run the first of Alexandre's tests (with the files added in the jemris repo) and it seems to be working. I have written down the install and troubleshooting steps and I will push them online soon.